匯總納稅新辦法對匯算清繳有何影響
2012年底，《國家稅務總局關于〈跨地區(qū)經營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號，以下簡稱新辦法） 發(fā)布。新辦法廢止了自2008年以來執(zhí)行的《國家稅務總局關于跨地區(qū)經營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》（國稅發(fā)〔2008〕28號，以下簡稱28 號文件），對跨地區(qū)總分機構稅款分配和繳納的方法作出了修改，納稅人應特別關注。
????預繳的改變
????28號文件第二 十三條規(guī)定，總機構應按照以前年度（1月~6月按上上年度，7月~12月按上年度）分支機構的經營收入、職工工資和資產總額3個因素計算各分支機構應分攤 所得稅款的比例?？倷C構計算分配稅款的比例，上半年和下半年是不一樣的，上半年以上上年度的數(shù)據(jù)為基礎，下半年以上年度的數(shù)據(jù)為基礎，導致同一納稅年度分 配比例不一致。
????新辦法第十五條規(guī)定，總機構應按照上年度分支機構的營業(yè)收入、職工薪酬和資產總額3個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例，不再區(qū)分上上年度和上年度，在同一納稅年度內分配比例一致，簡化了計算方法。
????匯算清繳的改變
????28 號文件第二十二條規(guī)定，總機構在年度終了后5個月內，應依照法律、法規(guī)和其他有關規(guī)定進行匯總納稅企業(yè)的所得稅年度匯算清繳。各分支機構不進行企業(yè)所得稅 匯算清繳。當年應補繳的所得稅款，由總機構繳入中央國庫。當年多繳的所得稅款，由總機構所在地主管稅務機關開具稅收收入退還書等憑證，按規(guī)定程序從中央國 庫辦理退庫。在匯算清繳時，稅款的多退少補，均由總機構來完成，各分支機構不用進行匯算清繳。
????新辦法第十條規(guī)定，匯總納稅企業(yè)應當 自年度終了之日起5個月內，由總機構匯總計算企業(yè)年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照本辦法規(guī)定的稅款分攤 方法計算總機構和分支機構的企業(yè)所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。這是新辦法的一個重大變化，在匯算清繳時，多退少補 的稅款須在總分機構之間分攤，各分支機構也要參與匯算清繳，解決了總機構所在地稅務機關補退稅壓力過大的問題。
????查補稅款的規(guī)定
????28 號文件對總分機構查補的稅款沒有規(guī)定，查補的稅款是否還要進行分配，各地執(zhí)行不一。新辦法第二十七條第三款規(guī)定，總機構應將查補所得稅款（包括滯納金、罰 款，下同）的50%按照本辦法第十五條規(guī)定計算的分攤比例，分攤給各分支機構（不包括本辦法第五條規(guī)定的分支機構）繳納，各分支機構根據(jù)分攤查補稅款就地 辦理繳庫。第二十七條第四款規(guī)定，二級分支機構應將查補所得稅款的50%分攤給總機構繳納，其中25%就地辦理繳庫，25%就地全額繳入中央國庫；50% 分攤給該二級分支機構就地辦理繳庫。
????對于總機構查補的稅款，按照比例分攤給各分支機構；對于分支機構的查補稅款，50%應分配給總機構繳納，50%分配給被檢查的分支機構繳納，沒有被檢查的其他分支機構不參與查補稅款的分配。
????舉例
????（一）28號文件施行時
????1.上半年預繳時，根據(jù)上上年度的三因素數(shù)據(jù)：
????假設總機構201X年度第一季度應納所得稅額為1000萬元，那么
????總機構需繳納1000×50%＝500（萬元）。
????三個分支機構分攤1000×50%＝500（萬元）。
????分支機構一分攤比例為100÷600×0.35＋100÷600×0.35＋100÷600×0.3＝0.17。
????分支機構二分攤比例為200÷600×0.35＋200÷600×0.35＋200÷600×0.3＝0.33。
????分支機構三分攤比例為300÷600×0.35＋300÷600×0.35＋300÷600×0.3＝0.5。
????分支機構一應分攤的稅額為500×0.17＝85（萬元）。
????分支機構二應分攤的稅額為500×0.33＝165（萬元）。
????分支機構三應分攤的稅額為500×0.5＝250（萬元）。
????2.下半年預繳時，根據(jù)上年度的三因素數(shù)據(jù)：
????假設總機構201X年度第三季度應納所得稅額為1000萬元，那么
????總機構需繳納1000×50%＝500（萬元）。
????三家分支機構分攤1000×50%＝500萬元。
????分支機構一分攤比例為100÷500×0.35＋100÷500×0.35＋100÷500×0.3＝0.2。
????分支機構二分攤比例為150÷500×0.35＋150÷500×0.35＋150÷500×0.3＝0.3。
????分支機構三分攤比例為250÷500×0.35＋250÷500×0.35＋250÷500×0.3＝0.5。
????分支機構一應分攤的稅額為500×0.2＝100（萬元）。
????分支機構二應分攤的稅額為500×0.3＝150（萬元）。
????分支機構三應分攤的稅額為500×0.5＝250（萬元）。
????3.匯算清繳時，假設總分機構201X年度應納所得稅額為5000萬元，已預繳4000萬元，應補繳1000萬元，由總機構在其所在地主管稅務機關入庫。
????（二）新辦法施行時
????1.預繳時不再區(qū)分上上年度和上年度，統(tǒng)一使用上年度數(shù)據(jù)計算，三家分支機構全年的分攤比例均為0.2、0.3、0.5。
????2.匯算清繳時，假該設總分機構應補繳稅款1000萬元
????總機構需補繳1000×50%＝500（萬元）。
????分支機構一需補繳500×0.2＝100（萬元）。
????分支機構二需補繳500×0.3＝150（萬元）。
????分支機構三需補繳500×0.5＝250（萬元）。
????（三）查補稅款
????1.匯算清繳結束后，總機構主管稅務機關對其進行了納稅評估，需補繳企業(yè)所得稅20萬元。
????總機構需補繳20×50%＝10（萬元）。
????分支機構一需補繳10×0.2＝2（萬元）。
????分支機構二需補繳10×0.3＝3（萬元）。
????分支機構三需補繳10×0.5＝5（萬元）。
????2.匯算清繳結束后，分支機構一主管稅務機關對其進行了納稅評估，需補繳企業(yè)所得稅10萬元。
????總機構需補繳10×50%＝5（萬元）。
????分支機構一需補繳10×50%＝5（萬元）。
????需要注意的問題
????新 辦法自2013年1月1日起施行，根據(jù)國家稅務總局辦公廳發(fā)布的新辦法解讀，匯總納稅企業(yè)在即將開始的2012年度匯算清繳時仍適用28號文件，而不適用 新辦法。但是，在2013年度第一次預繳時，就應按照新辦法執(zhí)行了。若按照28號文件，2013年度第一季度預繳時，三因素應根據(jù)上上年度，即2011年 度的數(shù)據(jù)計算，但按照新辦法，則應根據(jù)上年度，即2012年度的數(shù)據(jù)計算，企業(yè)要特別注意。