總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)注冊(cè)地不一致，且分別屬于營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)地區(qū)和非試點(diǎn)地區(qū)，總分機(jī)構(gòu)納稅人如何繳納增值稅—— 試點(diǎn)地區(qū)總機(jī)構(gòu)：經(jīng)批準(zhǔn)可合并繳納增值稅
營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)期間，總機(jī)構(gòu)與分支機(jī)構(gòu)分處試點(diǎn)地區(qū)和非試點(diǎn)地區(qū)，總機(jī)構(gòu)試點(diǎn)納稅人該如何納稅增值稅？在安徽、山東、江西、浙江、山西、河北、甘肅、北京、四川設(shè)有9家分公司，在上海設(shè)有一個(gè)分支機(jī)構(gòu)——上海航空有限公司的中國東方航空股份有限公司（以下簡(jiǎn)稱中國東方航空公司），在“營改增”過程中就存在上述問題。
為解決營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)期間總機(jī)構(gòu)試點(diǎn)納稅人繳納增值稅問題，財(cái)政部、國家稅務(wù)總局發(fā)布了《關(guān)于中國東方航空公司執(zhí)行總機(jī)構(gòu)試點(diǎn)納稅人增值稅計(jì)算繳納暫行辦法的通知》（財(cái)稅〔2011〕132號(hào)）。其中附件一《總機(jī)構(gòu)試點(diǎn)納稅人增值稅計(jì)算繳納暫行辦法》（以下簡(jiǎn)稱辦法）對(duì)試點(diǎn)納稅人的納稅方式和稅務(wù)管理作出了明確規(guī)定。
納稅方式
1.分支機(jī)構(gòu)自行計(jì)算繳納稅款。
分支機(jī)構(gòu)按現(xiàn)行規(guī)定計(jì)算繳納增值稅和營業(yè)稅，并按規(guī)定歸集匯總已繳納的增值稅和營業(yè)稅數(shù)據(jù)，傳遞給總機(jī)構(gòu)。
以中國東方航空公司為例，假設(shè)2012年1月，北京分公司航運(yùn)業(yè)務(wù)收入1000萬元，上海航空公司航運(yùn)業(yè)務(wù)收入2000萬元，中國東方航空公司總機(jī)構(gòu)收入17000萬元。北京分公司2月納稅申報(bào)，應(yīng)繳納營業(yè)稅1000×3%＝30（萬元），在北京繳納入庫。不考慮進(jìn)項(xiàng)稅額，上海航空公司2月納稅申報(bào)繳納增值稅2000÷（1＋11%）×11%＝198.20（萬元），分支機(jī)構(gòu)在各自所在地繳納的營業(yè)稅、增值稅以附件1《營業(yè)稅傳遞單》、《增值稅傳遞單》的形式，傳遞至總機(jī)構(gòu)確認(rèn)納稅。
2.總機(jī)構(gòu)匯總的應(yīng)征增值稅銷售額由兩部分組成。
第一部分為總機(jī)構(gòu)及其分支機(jī)構(gòu)的應(yīng)征增值稅銷售額。上例中，總機(jī)構(gòu)收入加上上海航空公司收入構(gòu)成的銷售額為（17000＋2000）÷（1＋11%）＝17117.12（萬元）。
第二部分為非試點(diǎn)地區(qū)分支機(jī)構(gòu)發(fā)生《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于在上海市開展交通運(yùn)輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)的通知》（財(cái)稅〔2011〕111號(hào)）附件1《交通運(yùn)輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)實(shí)施辦法》中《應(yīng)稅服務(wù)范圍注釋》所列業(yè)務(wù)的銷售額。計(jì)算公式如下：銷售額＝應(yīng)稅服務(wù)的營業(yè)額÷（1＋增值稅適用稅率）。比如上例的北京分公司，應(yīng)稅服務(wù)業(yè)營業(yè)額為1000萬元，換算銷售額為1000÷（1＋11%）＝900.9（萬元）。
3.總機(jī)構(gòu)應(yīng)納稅額計(jì)算。
總機(jī)構(gòu)應(yīng)當(dāng)匯總計(jì)算總機(jī)構(gòu)及其分支機(jī)構(gòu)的應(yīng)繳增值稅，抵減分支機(jī)構(gòu)已繳納的增值稅和營業(yè)稅款后，解繳入庫。不考慮進(jìn)項(xiàng)稅額抵扣，總機(jī)構(gòu)應(yīng)繳增值稅（17117.12＋900.9）×11%－30－198.2＝1753.78（萬元）。
4.總機(jī)構(gòu)進(jìn)項(xiàng)稅額可以匯總確定。
上例中沒有考慮非試點(diǎn)地區(qū)取得增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額情況，“營改增”前，對(duì)于取得發(fā)票不需要抵扣增值稅，“營改增”后，總機(jī)構(gòu)要按照整體銷售額確定應(yīng)繳納增值稅，相應(yīng)非試點(diǎn)地區(qū)分支機(jī)構(gòu)所取得的增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額發(fā)票可以抵扣。因此，辦法規(guī)定，總機(jī)構(gòu)的進(jìn)項(xiàng)稅額，是指總機(jī)構(gòu)及其分支機(jī)構(gòu)購進(jìn)貨物或者接受加工修理修配勞務(wù)和應(yīng)稅服務(wù)，支付或者負(fù)擔(dān)的增值稅稅額，用于銷售貨物、提供加工修理修配勞務(wù)和發(fā)生《應(yīng)稅服務(wù)范圍注釋》所列業(yè)務(wù)之外的進(jìn)項(xiàng)稅額不得抵扣。非試點(diǎn)地區(qū)分支機(jī)構(gòu)發(fā)生《應(yīng)稅服務(wù)范圍注釋》所列業(yè)務(wù)而購進(jìn)貨物或者接受加工修理修配勞務(wù)和應(yīng)稅服務(wù)，應(yīng)當(dāng)索取增值稅扣稅憑證。盡管非試點(diǎn)地區(qū)分支機(jī)構(gòu)發(fā)生《應(yīng)稅服務(wù)范圍注釋》所列業(yè)務(wù)，按照現(xiàn)行規(guī)定還要申報(bào)繳納營業(yè)稅，但是從總機(jī)構(gòu)層面上來看，整個(gè)東方航空公司相當(dāng)于全面實(shí)施了營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)。例如，上例中北京分公司營運(yùn)收入盡管繳納營業(yè)稅，但其運(yùn)營業(yè)務(wù)一樣可取得增值稅專用發(fā)票認(rèn)證，只不過要由上?？倷C(jī)構(gòu)計(jì)算應(yīng)納稅額時(shí)進(jìn)行進(jìn)項(xiàng)抵扣處理。上?？倷C(jī)構(gòu)處理時(shí)，對(duì)于分支機(jī)構(gòu)當(dāng)期已繳納的增值稅稅款和營業(yè)稅稅款，允許在總機(jī)構(gòu)當(dāng)期增值稅應(yīng)納稅額中抵減，抵減不完的，可以結(jié)轉(zhuǎn)下期繼續(xù)抵減。
稅務(wù)管理
為保證試點(diǎn)改革中增值稅鏈條的完整性，辦法規(guī)定，總機(jī)構(gòu)及其分支機(jī)構(gòu)，一律由其機(jī)構(gòu)所在地主管國稅機(jī)關(guān)認(rèn)定為增值稅一般納稅人。非試點(diǎn)地區(qū)分支機(jī)構(gòu)發(fā)生應(yīng)稅服務(wù)，應(yīng)按月將當(dāng)月的營業(yè)稅應(yīng)稅營業(yè)額和已繳納的營業(yè)稅稅款歸集匯總，填寫《營業(yè)稅傳遞單》，報(bào)送主管地稅機(jī)關(guān)簽章確認(rèn)后，于次月10日前傳遞給總機(jī)構(gòu)。銷售貨物、提供加工修理修配勞務(wù)和應(yīng)稅服務(wù)的分支機(jī)構(gòu)，應(yīng)按月將當(dāng)月應(yīng)征增值稅銷售額、進(jìn)項(xiàng)稅額和已繳納的增值稅稅款歸集匯總，填寫《增值稅傳遞單》，報(bào)送主管國稅機(jī)關(guān)簽章確認(rèn)后，于次月10日前傳遞給總機(jī)構(gòu)。
總機(jī)構(gòu)的增值稅納稅期限為一個(gè)季度。總機(jī)構(gòu)應(yīng)當(dāng)在開具增值稅專用發(fā)票的次月15日前向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)稅。總機(jī)構(gòu)的增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額，應(yīng)當(dāng)在認(rèn)證當(dāng)季度終了后的申報(bào)期內(nèi)申報(bào)抵扣?？倷C(jī)構(gòu)及其分支機(jī)構(gòu)取得的增值稅扣稅憑證，應(yīng)當(dāng)在規(guī)定期限內(nèi)到主管國稅機(jī)關(guān)辦理認(rèn)證或者申請(qǐng)稽核比對(duì)。
需要提醒納稅人注意的是，除中國東方航空公司總分機(jī)構(gòu)納稅人可以適用財(cái)稅〔2011〕132號(hào)附件規(guī)定的計(jì)算方法外，其他總分機(jī)構(gòu)納稅人若適用上述規(guī)定，必須經(jīng)財(cái)政部和國家稅務(wù)總局批準(zhǔn)?！吨腥A人民共和國增值稅暫行條例》第二十二條第一款規(guī)定了增值稅的納稅地點(diǎn)，即“固定業(yè)戶應(yīng)當(dāng)向其機(jī)構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)納稅?？倷C(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)不在同一縣(市)的，應(yīng)當(dāng)分別向各自所在地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)納稅；經(jīng)國務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門或者其授權(quán)的財(cái)政、稅務(wù)機(jī)關(guān)批準(zhǔn)，可以由總機(jī)構(gòu)匯總向總機(jī)構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)納稅”。此外，財(cái)稅〔2011〕111號(hào)文件的附件1《交通運(yùn)輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)實(shí)施辦法》第七條也規(guī)定，兩個(gè)或者兩個(gè)以上的試點(diǎn)納稅人，經(jīng)財(cái)政部和國家稅務(wù)總局批準(zhǔn)，可以視為一個(gè)納稅人合并納稅。具體辦法由財(cái)政部和國家稅務(wù)總局另行制定。本條是對(duì)兩個(gè)或者兩個(gè)以上的試點(diǎn)納稅人，可以視為一個(gè)試點(diǎn)納稅人合并納稅的規(guī)定。合并納稅的批準(zhǔn)主體是財(cái)政部和國家稅務(wù)總局。因此，總分機(jī)構(gòu)處于“營改增”試點(diǎn)地區(qū)和非試點(diǎn)地區(qū)的納稅人，若適用上述政策，必須經(jīng)財(cái)政部、國家稅務(wù)總局批準(zhǔn)后方可適用上述合并納稅政策。